З 2008 року Інститутом обліку і фінансів виконуються науково-дослідні роботи на замовлення Міністерства аграрної політики та продовольства України.

У 2011 році Інститут обліку і фінансів було включено до складу Національної академії аграрних наук України та підпорядковано Відділенню аграрної економіки і продовольства (Постанова Президії НААН України від 18.05.2011 р., протокол №10).

В рамках Програми наукових досліджень НААН України на 2011-2015 роки Інститут виконує 2 завдання:

Програма 39 «Науково-методологічне забезпечення економічних засад конкурентоспроможного аграрного виробництва розвитку сільських територій».

Підпрограма 39.04 «Науково-методологічні засади фінансового, інвестиційного та облікового забезпечення конкурентоспроможного аграрного виробництва».

Завдання 39.04-32 «Розробити науково-методологічні засади обліково-аудиторського забезпечення конкурентоспроможного аграрного виробництва».

39.04-32.08. «Розробити інституціональні механізми розвитку обліку й фінансів та удосконалити професійну підготовку бухгалтерів-фінансистів суб’єктів господарювання сільських територій».

39.04-32.09. «Розробити методичні засади формування корпоративних фінансів підприємств агропродовольчого комплексу на ринку цінних паперів».

На власні науково-методичні розробки Інститут реєструє авторські права у Департаменті інтелектуальної власності Мiнiстерства освiти і науки, молоді та спорту України:

• Навчально-методичний комплекс підвищення кваліфікації професійних бухгалтерів підприємств агропромислового виробництва за програмою «Сертифікований професійний бухгалтер АПВ» (САРА «CERTIFIED AGRICULTURAL PROFESSIONAL ACCOUNTANT») (Свідоцтво № 38767 від 23.06.2011 р.);
• НАУКОВИЙ ТВІР «Навчально-методичний комплекс підвищення кваліфікації бухгалтерів бюджетних установ «Сертифікований бухгалтер в бюджетній сфері» («CERTIFIED ACCOUNTANT OF PUBLIC SECTOR») (Свідоцтво № 38768 від 23.06.2011 р.);
• Методичні рекомендації з бухгалтерського обліку та оцінки прав на об’єкти інтелектуальної власності в бюджетних установах (Свідоцтво № 39207 від 18.07.2011 р.);
• Методичні рекомендації з реорганізації акціонерних товариств: правовий та обліковий аспекти (Свідоцтво № 39208 від 18.07.2011 р.);
• Методичні рекомендації щодо оподаткування сільськогосподарських товаровиробників (Свідоцтво № 39206 від 18.07.2011 р.);
• Методика оцінки ефективності організації бухгалтерського обліку на сільськогосподарському підприємстві (Свідоцтво № 39203 від 18.07.2011 р.);
• Методичні рекомендації по обліку нарахування та утримання єдиного внеску на загальнообов’язкове державне соціальне страхування (Свідоцтво № 39204 від 18.07.2011р.);
• Методичні рекомендації з облікового забезпечення оподаткування сільськогосподарських товаровиробників (Свідоцтво № 39205 від 18.07.2011 р.).

Наказом Державного агентства з питань науки, інновацій та інформатизації України Інститут обліку і фінансів НААН було включено до Реєстру наукових установ, яким надається підтримка держави (Свідоцтво Серія НД №01582 від 31.08.2011 р.).